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Tous les déposants de collections ayant pour but la conservation à long terme sont des utilisateurs de l’infrastructure, même lorsqu’ils ne réalisent pas des entrées ou sorties régulières. Nos utilisateurs proviennent d'entités couvrant toutes les filières de l'élevage sur le territoire national, du cheval de sport à l’ostréiculture. L’infrastructure est un acteur reconnu dans le domaine d’application qu’elle a identifié. Les autres acteurs économiques sont des industries pharmaceutiques vétérinaires, des entreprises de biotechnologies (diagnostic ou génotypage), voire des fabricants d’aliments pour animaux intéressés par la nutrigénomique.

La communauté scientifique directement ciblée se trouve dans les trois instituts de recherche partenaires (INRAE, CNRS, IFREMER), des partenaires d'universités ou grandes écoles (notamment les 4 Ecoles Nationales Vétérinaires), et les ingénieurs et docteurs des instituts techniques missionnés par le Ministère de l’Agriculture pour l’appui aux filières de ruminants (IDELE), porcins (IFIP), équins (IFCE), avicoles et aquacoles (SYSAAF). L’ensemble représente plus de 2000 chercheurs et ingénieurs.